Государственная политика в области науки, исследований и инноваций осуществляется научным сообществом в лице Академии наук, в соответствии с Кодексом о науке и инновациях и с Договором о партнерстве между Академией наук Молдовы и Правительством Республики Молдова, посредством которого Правительство делегирует ей свои компетенции по реализации государственной политики в области науки и инноваций.

В соответствии с Кодексом о науке и инновациях, Академия наук Молдовы является единственным публичным учреждением общенационального значения в области науки и инноваций, полномочный координатор научной и инновационной деятельности, высший научный форум страны и научный консультант государственной власти Республики Молдова.

Высшим руководящим органом Академии наук Молдовы является Ассамблея Академии наук, состоящая из действительных членов, членов-корреспондентов Академии наук Молдовы и 78 докторов-хабилитат, избранные научным сообществом Республики Молдова. Высший совет по науке и технологическому развитию является исполнительным органом Ассамблеи, он состоит из 17 членов, 5 членов по должности: президент Академии наук, первый вице-президент, 2 вице-президента, главный ученый секретарь Академии наук; 12 представителей научного сообщества, избираемые Ассамблеей. Высший совет по науке и технологическому развитию (далее Высший совет) разрабатывает прогнозы развития в области науки и инноваций, определяет стратегические направления деятельности в области инноваций и науки, рассматривает и утверждает стратегии, программы направленные на область науки и инноваций, и т.д.

Основной целью, которую ставит перед собой Академия наук Молдовы, состоит в разрешении трех приоритетных проблем: получение выдающихся научных результатов по всему миру, научное и экспертное обеспечение наиболее важных решений руководства страны, создание высоких технологий в целях повышения уровня жизни населения.

Признавая приоритет развития фундаментальных исследований, которые являются ценным источником для получения новых знаний, руководство Академии наук направляет деятельность организаций сферы наук и инноваций для преобразования результатов научных исследований в новые средства и технологии, с целью их внедрения в национальную экономику. В настоящее время эти работы сосредоточены в 14 государственных программах и 34 проектах по технологической передачи в области новых альтернативных источниках энергии, биомедицины, фармацевтики, нано технологий и получения новых материалов, поддержания плодородия  почвы и продовольственной безопасности, создание новых сортов сельскохозяйственных культур и средств защиты растений и т. д. Исследования во всех этих областях частично проводятся совместно с учеными из США, Европейского Союза, стран СНГ, Румынии и других стран, значительная часть средств поступая из-за рубежа.

Участие Республики Молдовы в процессе создания единого европейского научного пространства помогло стабилизировать научный потенциал страны и повысил взаимный обмен с научным сообществом ЕС.